Die Geschichte von Tears of the Kingdom knöpft direkt an die von Breath of the wild an. Das Spiel startet mit einer Videosequenz, in der Link und Zelda die Katakomben unter Schloss Hyrule erkunden. Dabei stoßen sie auf ein mysteriöses Wesen, es ist Ganondorf. Auf ihm ist eine Mysteriöse Apparatur, die wie eine Hand aussieht, sie fällt von ihm runter und aus ihr ein Mysterienstein, der vor Zelda landet, diese Stelle ist wichtig, denn sie nimmt ihn in die Hand. Ganondorf erwacht und greift sie dann an. Link stellt sich ihm mit dem Masterschwert, doch er und das Masterschwert sind nicht stark genug. Link hat nach dem Kampf nur noch drei Herzen, eine verletzte Hand und zu allem Unglück ist das Masterschwert zerstört. Als man denkt, es könnte nicht mehr schlimmer kommen, richtet Ganondorf einen mächtigen Miasmastrahl gegen die Decke. Das hat verheerende Folgen: Schloss Hyrule erhebt sich in die Luft, es fallen Trümmerteile vom Himmel der Boden der Katakomben stürtzt ein und Zelda fällt runter in die Tiefe. Link springt hinterher und versucht sie noch an der Hand zu packen, er verpasst sie aber knapp. Zelda erleuchtet plötztlich in einem gelben Licht und verschindet. Auf einmal geht ein Ruck durch Link, die mysteriöse Hand hat ihn gepackt und zieht ihn hoch und beide verschwinden in einem weißem Licht.
In den Errinerungen von Zelda wird gezeigt, was für Zelda passiert ist, nachdem sie verschwunden ist. Die Erinnerungen kann man in Form von Drachentränen finden (Dies ist auch die Hauptquest "Die Tränen des Drachen"). Man sieht, dass sie in der Verangenheit gelandet ist. Genauer gesagt, in der Zeit, wo Hyrule von Rauru und Sonja gegründet wurde. In den Errinerungen redet sie mit ihenen und es wird gezeigt wie die Kultur der Zonai funktioniert. Während sie dort ist, versucht sie irgendwie Link zu Helfen. Auf einmal erscheint vor ihr im Tempel der Zeit das Masterschwert, welches ja beschädigt ist. Dann kommt ihr eine Idee: es gab das Ritual, dass die Weisen ihre Mysteriensteine heruntergeschluckt haben, wenn man das Macht, verwandelt man sich in einen Drachen. Damit wird auch erklärt, warum es Eldra, Naydra und Farodra gibt. Wenn man das macht, ist man unsterblich und hat eine unermessliche Macht, man kann sich aber nicht wieder zurrück verwandeln. Trotz dessen entschließt sich Zelda den Mysterienstein, den sie in den Katakomben gefunden hat, zu schlucken. Sie verwandelt sich und wird zum Weißdrachen. Nun kann sie über die lange Zeit, bis zu Links Gegenwart warten und ihre ganze Macht in die Reperatur vom Masterschwert stecken.
Nachdem Link aus den Katakomben gerettet wurde, findet er sich schwer verletzt auf einer schwebenden Insel wieder, einer der Himmelsinseln, hoch über Hyrule. Sein rechter Arm war vom Miasma verletzt und nutzlos, doch eine geheimnisvolle, leuchtende Hand ersetzt ihn: Sie stammt von Rauru, dem ersten König von Hyrule. Diese Hand rettete nicht nur sein Leben, sondern übertrug auch eine unbekannte Macht auf ihn.
Link ist zunächst allein. Zelda ist verschwunden, Ganondorf entfesselt, und Hyrule in Trümmern. Die Insel, auf der er aufwacht, dient als Einführung in eine neue, uralte Technologie: Die Konstrukte und Relikte der Zonai. Mit jeder Prüfung, die er meistert, und jedem neuen Werkzeug, das er erhält, beginnt Link, seine Kräfte neu aufzubauen.
Auch das Masterschwert, das einst in seinen Händen zerschmettert wurde, ist nicht verloren: Er schickt es beim Tempel der Zeit in die Vergangenheit zu Zelda, welche es wieder reparien kann, wodurch er seine mächtigste Waffe wieder hat. Link spürt, dass Zelda lebt. Und dass seine Aufgabe größer ist als je zuvor: Er muss nicht nur Hyrule retten – sondern die Geschichte selbst wieder zusammensetzen.